Identyfikacja i przeżycie nosicieli mutacji w DNA Mismatch-Repair Genes in Colon Cancer cd

Data początku choroby została zdefiniowana jako data pierwszej histologicznej diagnozy gruczolakoraka jelita grubego. Historia raka pacjentów została uzyskana w drodze wywiadu osobistego i odsyłacza osobistych identyfikatorów do Szkockiego Rejestru Nowotworowego. Nowotwory oceniano zgodnie z kryteriami klasyfikacji Dukesa i przerzutu do węzła guza (TNM) zgodnie z zaleceniami Amerykańskiego Wspólnego Komitetu ds. Raka. Mutacyjna analiza
Linię DNA z linii komórkowej uzyskaną z leukocytów krwi analizowano pod względem mutacji MLH1, MSH2 i MSH6. Denaturującą wysokosprawną chromatografię cieczową (Transgenomic) użyto do 11 eksonów MSH2 i 16 ekszonów MLH1. Warianty zaznaczone w chromatografii zostały zsekwencjonowane, podobnie jak eksony 1, 4, 5, 10 i 13 MSH2 oraz eksony MLH1 8, 12 i 15 w każdej próbce (ABI 3730 DNA Analyzer, Applied Biosystems). Wszystkie 10 eksonów MSH6 sekwencjonowano. Chromatografy sekwencjonowania oceniano wizualnie i za pomocą oprogramowania Sequencher. Mutacje zostały potwierdzone przez reamplifikację niezależnej próbki DNA i ponowne sekwencjonowanie w obu kierunkach. MLH1 i MSH2 oceniano pod kątem delecji przez multipleksową zależną od ligacji amplifikację sond (MLPA, MRC-Holland), z produktami rozdzielonymi na analizatorze genetycznym ABI 3100 xl (Applied Biosystems) i analizowano za pomocą niestandardowego oprogramowania (dostępnego na stronie internetowej). brytyjskiego Laboratorium Referencyjnego Genetyki Brytyjskiej na stronie www.ngrl.org.uk/Manchester/Publications.htm#MLPA).
Analiza niestabilności mikrosatelitarnej
DNA guza, który został oczyszczony z mikroskopijnych 10-.m przekrojów guza (QIAamp DNA minikit, Qiagen) poddano multipleksowemu testowi łańcuchowej reakcji polimerazy z użyciem markerów BAT25, BAT26, D2S123, D5S346 i D17S25024 i porównano z kontrolnym DNA z krwi lub normalnej tkanki w sekcji. Produkty analizowano przy użyciu oprogramowania ABI PRISM 3100 i Genescan (Applied Biosystems). Nowotwory z więcej niż jednym przesuniętym markerem zostały zaklasyfikowane jako mające wysoki stopień niestabilności mikrosatelitarnej, te z jednym niestabilnym markerem zostały zaklasyfikowane jako o niskim stopniu niestabilności mikrosatelitarnej, a te bez niestabilności zostały skategoryzowane jako stabilne mikrosatelitarnie.
Analiza immunohistochemiczna
Skrawki zatopione w skórze, które zostały wybarwione przeciwciałami przeciwko MLH1, MSH2 i MSH6, zostały ocenione niezależnie przez dwóch mikroskopistów. Jeśli nie udało się rozwiązać rozbieżności, trzeci patolog ocenił wszystkie slajdy.
Analiza statystyczna
Dwustopniowy model predykcyjny
Jednowymiarowa analiza zmiennych klinicznych za pomocą regresji logistycznej zidentyfikowała niezależnie znaczące predyktory statusu mutacji. Te predyktory zostały uwzględnione w wieloczynnikowej regresji logistycznej, aby skonstruować dwuetapowy model przewidywania, czy pacjenci przenoszą mutacje genów naprawy genów DNA w oparciu o zmienne kliniczne (patrz Dodatek dodatkowy, dostępny z pełnym tekstem tego artykułu). na stronie www.nejm.org). Najmniej znaczące zmienne usuwano jeden po drugim, aż wszystkie zmienne pozostały znaczące. Wszystkie zmienne (z wyjątkiem wieku początkowego) zostały uwzględnione jako zmienne kategoryczne. Zastosowanie automatycznego krokowego do tyłu i do przodu kryteriów wyboru, na podstawie wskaźnika wiarygodności i statystyki Walda, dało podobne wyniki w regresji logistycznej z oprogramowaniem SPSS, więc wybraliśmy najprostszy model
[patrz też: łąkotka rehabilitacja, okulista na nfz gdańsk, lek po terminie ważności ]
[przypisy: ile kosztują badania wysokościowe, nfz skierowania do sanatorium zwroty, olx kłobuck ]